شناسایی گونه‌های لاکتوباسیل مزوفیل موجود در روده ماهیان سفید (Rutilus kutum Kamensky, 1901) دریای خزر با تست تأییدی PCR

لاکتوباسیل­ها گونه­های باکتری گرم مثبت، بدون اسپور، کاتالاز منفی میله­ای می‌باشند که دارای نقش اکولوژیکی مهمی در دستگاه گوارش می­باشند که شامل تولید مواد ضد­میکروبی، افزایش پاسخ سیستم ایمنی و افزایش قابلیت دسترسی مواد مغذی است. جهت شناسایی لاکتوباسیل­های موجود در روده ماهیان سفید اقدام به صید تعداد 40 قطعه ماهی به‌صورت تصادفی از دریای خزر گردید. سپس نمونه­ها تحت شرایط استریل و در مجاورت یخ به آزمایشگاه میکروب­شناسی دانشکده دامپزشکی دانشگاه آزاد واحد تبریز منتقل و بعد از بررسی فنوتیپیکی و بیوشیمیایی، 10 نمونه لاکتوباسیل موردنظر برای تشخیص گونه‌ها بر اساس ساختار مولکولی ژن srDNA 16، اقدام به استخراج DNA و شناسایی لاکتوباسیل­ها با پرایمر اختصاصی نموده و سپس به‌منظور شناسایی اولیه گونه­ها از آنزیم برشی Taq1 استفاده گردید. سپس 3 نمونه متفاوت به‌منظور تشخیص قطعی جهت توالی یابی ارسال گردید. نتایج توالی یابی حاکی از تشابه 99-97% توالی­های موردنظر با توالی­های ژن‌های SrDNA 16 ثبت‌شده در بانک اطلاعاتی برای گونه لاکتوباسیلوس فرمنتوم بود و تنها یک نمونه تشابه 89% با گونه لاکتوباسیلوس فرمنتوم (Lactobacillus Fermentum) داشت که نمونه موردنظر برای توالی یابی به‌صورت پارشیال فرستاده شد و بعد توالی یابی با شماره ژن JQ906262 تحت عنوان Lactobacillus sp. RU1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence در سایت ncbi ثبت شد.